Большинство отказов на этапе форматно-логического контроля связаны не с «плохим проектом», а с XML, который не соответствует актуальной XSD: устаревшая версия схемы, пустые обязательные элементы, значения вне enumeration, битая вложенность. Перед подачей на ЕЦПЭ файл нужно провалидировать локально по той же схеме, которую использует оператор.
Ошибки XML и XSD при подаче на экспертизу: как найти и исправить